生物医学实验中心建成于2000年，是以西安交通大学医学院"面向21世纪教育振兴行动计划"学科建设项目为基础、以科研服务为目的的科研大平台，是为校内外生物医学研究和研究生培养提供服务的开放性实验室。2015年在学校实验室与资产管理处及医学部领导的大力支持下，获 教育部“生物医学实验中心建设” 中央级普通高校改善基本办学条件专项资金项目，以建立大型仪器优化整合、高效的生物医学实验教学与研究结合的综合实验平台，实现人才培养与科研服务的对接，提高教学与科研水平，促进学科交叉和融合，加强高层次创新人才的培养为总体目标。

　　2015年12月完成了生物医学实验中心建设I期修缮与搬迁工作，整体迁入机能楼。I期投入410万，完成了第三层和第五层实验室的改造，建成了两个洁净度1万级的恒温细胞培养室（总面积240m ²，其中公共细胞培养室200 m ²）和洁净度30万级的大型仪器室（图像分析室、膜片钳室、质谱分析室、芯片点样与分析室、小动物过渡饲养室、小动物活体成像室、分子生物设备分析室、免疫组化室、肿瘤实验室）。同时完成了二级质谱升级和芯片点样与分析系统的购置。

　　2017年11月生物医学实验中心顺利完成了 教育部“生物医学实验中心建设” 中央级普通高校改善基本办学条件专项资金项目的 II 期修缮项目。II期投入530万，完成了机能楼第一、第二、第四层实验室的改造，新建了3大实验室模块： 1）分子生物学平台（400 m ²）；2）学科带头人（PI） 工作室；3）化学分析平台（有机化合物处理室、无机化合物处理室、光谱室、核磁室及试剂库），与I期的形态学分析平台和细胞培养与分析平台构成5大实验室模块。

　　 实验中心条件：生物医学实验中心总体使用面积由原来的1100 m ²扩至2400m ²，中心目前拥有价值2000万的大中小型设备，包括分析型流式细胞仪和分选型流式细胞仪、激光共聚焦显微镜、小动物活体成像系统、动物饲养系统与分析系统、图像分析系统、荧光定量PCR仪、质谱仪、芯片点样与分析系统、膜片钳、双向电泳等大型仪器，可以满足分子生物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学、免疫学、形态学科（组织学、解剖学和病理解剖学）、机能学科（生理学、药理学和病理生理学）以及临床相关学科的研究需要。 具有免疫组织化学室和细胞培养室（均可同时容纳20余人实验）、分子生物学室（可同时容纳32个不同课题组开展科研实验，每个课题组单独配备分子生物学常用仪器），及基因重组室、病毒室等基本功能实验室。

　　 实验中心环境与安全：中心实验室均为恒温净化实验室、安装了进风与排风系统、门禁系统与监控系统。

　　 实验中心队伍：中心现有固定工作人员8名，兼职工作人员3名，教授1名，副教授3名，高级实验师1名，实验师4名，技师2名，博士5名，硕士1名。每台大型设备配有专职管理人员。

　　 实验中心教学及培训：中心从2008年开始为研究生开设《高级生物医学技术》实验课程，每年受益学生80余人，学时总数4000以上。同时，作为科学研究以及高级研究技术开发基地，积极承担教学改革工作，提出研究生实验教学的立体化教学模式，在该中心开设视野拓展性实验以及世界前沿性技术培训，为高水平研究成果的产生奠定基础。

　　 实验中心运行：生物实验中心秉承服务全校、面向社会的宗旨，全天侯对外开放。大型仪器的使用实施西安交通大学网上共享平台预约与缴费制度，基本功能实验室使用如细胞培养室按月缴费，免疫组化室及分子生物实验室等按年缴费。

　　 实验中心对外辐射服务：中心自建成以来，先后服务过空军军医大学（原第四军医大学）、陕西师范大学、天津医科大学、首都医科大学宣武医院、兰州医学院、西北工业大学、西北大学、陕西中医药大学、西藏民族大学、东南大学基础医学院、河北承德医学院，以及来自美国的研究人员。

　　 实验中心其他服务：中心建有供研究生开放使用的会议室，可组织各类学术讲座、学术沙龙、研究生技术与经验分享会等。