1912年11月22日，教育部以部令第25号公布《医学专门学校规程》，规定医学专门学校的宗旨为“养成医学专门人才”，课程和实习课为48门。国立北京医学专门学校1913年开学后，拟定学校章程草案呈请教育部备案，汤校长赴日本购办图书仪器。学校因教员不够，有些课程只能兼代，在不断发展中逐渐完善。暑假期间派周颂声到日本调查各地医学专门学校解剖设备情况并研究生理学；8月聘日本金泽医学专门学校石川喜直为解剖学教授，汤尔和校长同年任组织学教授。之后，又先后聘葛成勋（1914年，外科）、周颂声（1914年，生理学）、上村庄太（1915年，病理学）、陈魏（1915年，内科）、孙柳溪（1915年，外科）、朱其煇（1916年，内科）、池上馨一（1916年，解剖学）、吴祥凤（1917年，内科）、赵卿云（解剖学）、戎肇敏（1919年，外科）、徐诵明（1919年，病理学）、张黼卿（1920年，眼科）、蹇先器（1920年，皮肤花柳科）为教授，聘周颂声为教务长。先后设置组织学、化学、解剖实习室和细菌学分教场、病理组织、病理解剖实习室和图书室。
由于原医学馆舍和施医总局房屋面积狭小，不够使用，学校先后赁豫章学校东院房屋为细菌学分教场所；租西院邻屋六间、南院邻屋15间为校舍；购买八角琉璃井刘姓人家房屋1所、西南园段姓平房一所、买西邻倪姓房屋15间、北邻赵姓楼房二座、西邻董姓平房一所计6间；购姚家井空地百余亩以准备另建校舍。建设地下藏尸室以便保存解剖尸体，购菜户营村坟地为埋葬解剖过的尸体使用（后又续购菜户营村坟地一段）。随着房舍和土地面积逐渐扩大，为业务开展提供了必备条件。
1914年9月，汤校长从天津陆军兽医学校带回天竺鼠20余只，用于研究细菌种菌。1914年12月30日，教育部批准学校成立附设诊察所。1915年2月15日，学校在豫章学校东院房屋的细菌学分教场试行开办诊察所，于5月30日将诊察所迁入修葺的后孙公园原施医总局房屋后于5月31日继续开诊。2月15日也成为临床诊疗开办的起点。之后，又安装使用蒸汽锅，建成大手术室，设置三等病房及施医诊病室、一等病房、二等病房，设置内科临床检查室、女病房及产室，开展了多种多样的临床诊疗活动。创办厨房，以为病室提供清洁饮食。
1916年9月，奉令前往武昌医学校接收中医书籍、经史子集百余种及伤寒论、大观本草木版两全部归本校参考。
为提高教师专业水平，学校先后派内科教员朱其辉、外科教员孙柳溪、眼科教员张黼卿赴日调查医事新发明，张黼卿还习得制作皮肤病模型法；派生理教授兼教务主任周颂声赴日本、德国（洪堡大学）考察生理，进行研究；派解剖教授赵卿云、内科教授吴祥凤赴日本研究。以津贴半薪支助内科教授吴祥凤以本省（江苏）官费赴美国研究；派耳鼻喉科教授孙柳溪赴日本九州帝国大学研究；派病理助教洪式闾、解剖助教鲍鑑清留学德国；派内科教授兼教务长朱其煇赴德国研究；派张黼卿教授赴日本及德国研究。校长汤尔和多次赴日、欧考察学习，提高技术水平和管理水平。
自1917年首届毕业生开始，学校都留聘每届优秀的毕业生在校任职供事，并派出国学习，提高综合技能。
1918年1月，山西境内发生鼠疫，学校派病理教员黄震亚、细菌讲师严智钟、病理研究生洪式闾、外科研究生刘兆霖前往调查。1918年3月成立生理学教室，周颂声主其事（解剖学、细菌学教室此前已成立）；10月，开始检查京内国民学校学生肠内寄生虫。1920年8月，孙柳溪学成归来，成立耳鼻喉科教室；当月成立皮肤花柳科教室，聘请留日归来的蹇先器任主任教授。
随着房屋、设备和人员配备的不断完善，也开展相关工作，取得较大成绩。病理教室自1916年3月至1922年6月，共解剖尸体34具，尸体来源多为第一监狱，志愿解剖者仅有8例。死因大部分为肺结核，其它为散在的结核性腹膜炎、结核性脑膜炎、伤寒、急性脑膜炎、脓胸、虎疫、白血病、脓毒血症、下肢干性坏疽。
皮肤科1921年至1922年1年，接诊以湿疹、疥癣、疖、脓痂疹、白癣为多，病种达77种之多，共计诊治2308人，并对病因进行分析。因淋病归属于外科，对于梅毒、软下疳、混合下疳等共诊治228人。
外科于1921年度诊治炎症性、外伤性、结核性、花柳性、传染性、血管、肛门疾病及歇尔尼亚、肿疡及畸形共83种、1061人。按年龄、地域、职业、性别进行了统计分析。
内科1921年度按循环器、神经系、消化器、呼吸器、泌尿生殖器、传染病、新陈代谢病、血液疾病、中毒症进行分类统计，共计诊治病种106种，诊治患者1570人，其中以气管枝炎、感冒、肺结核、神经衰弱最为常见。
眼科1921年度诊治疾病90种（包括眼睑、结膜、泪道、角膜、瞳孔、脉络膜、视神经疾病、眼内异物、斜视、近视、夜盲症等），诊治人数1716人。
耳鼻喉科自1920年9月至1921年3月，共诊治耳病（外耳、中耳、内耳、鼓膜、欧氏管病）、鼻咽喉头病和口腔病1116人；自1921年9月至1922年8月，共诊治1731人。在疾病统计中，各部位炎症占有大部分的比重。并在1922年度在门诊对患者附带鼻中隔状态进行了统计分析，对入学试验体检学生的本科情况进行了统计。
1921年度，妇产科按外生殖器、内生殖器（膣腔）、子宫、膀胱、月经、卵巢、输卵管、生殖器传染病、妊娠进行统计，共诊治病种30种，人数509人；诊治泌尿器患者178人。
据外科助教毛咸对个人经历的全身麻醉手术进行统计，从1917年度至1922年度，5年共进行120余例，麻醉时间为20分钟至120分钟不等。其中，1917至1919年度完成48人，手术种类包括：鼠蹊部斜疝根治术、肘关节后方脱臼整复术、颈腺结核摘出术、化脓性大腰筋炎切开术、蜂窝织炎切开术、髋关节炎切开术、对侧性趾坏死离断术、腿部植皮术、单纯唇裂修补术、肉肿摘出术、指关节离断术、下腿骨膜炎切开术、粉瘤摘出术、痔核烧灼术、结核性腿部溃疡烧灼术、腐骨摘出术、左大腿骨折整复术、骨疡摘出术、痔瘘切开术、痔瘘痔核根治术、睾丸结核摘出术、腿部结核瘘管切开术、脓胸切开术、髋关节脱臼整复术、腿部截骨术、睾丸水肿穿刺术、骨折整复术、脊柱弯曲矫正术、肩胛关节化脓切开术等。1919至1921年度完成55人，种类包括阴茎癌肿截断术，肘关节骨疡凿除术、急性膝关节炎切开术、颞颈部纤维肿摘出术、颞颈部植皮术、阴囊直疝根治术、背部血管瘤剔出术、铳创弹子摘出术、三叉神经拔除术、肋骨骨疡切除术、卵巢囊肿摘出术、睾丸肉肿剔出术、膀胱结石摘出术、骨疡凿除术、膀胱异特切除术、头部腺肿摘出术、肛周脓肿切开术等。1921至1922年度完成手术20人，手术种类与上述基本相同。应该说外科诊断水平和手术处置能力不断有新的提高。毛咸还对全身麻醉进行观察研究，指出麻醉药多用Chloroforrnnarkose，麻醉方法多应用点滴法Tropfennarkose，麻醉前多不用镇静剂注射，整个麻醉过程中兴奋期极短时便进入深麻醉状态；对麻醉中即将窒息的情况进行人工呼吸处理即能使患者转危为安；对麻醉当天或次日大多数人出现的呕吐症状，以及嗜酒者对药物耐受状态也进行了观察，得出了结论。
教师们在教学中自编讲义，还译编国外专著。如汤尔和翻译《组织学》（1914年，商务印书馆出版）、《诊断学》（1918年，商务印书馆出版），吴祥凤、朱其煇、张黼卿与他人合著《内科全书》（全二册，1919年，商务印书馆出版），周威和洪式闾译述《病理总论》（1920年，商务印书馆出版），葛成勋、孙柳溪编著《外科学总论》（1920年，商务印书馆出版），洪式闾译述《病理解剖学各论》（1922年，商务印书馆出版）等，这对中国医学的发展起到重要的促进作用。
汤尔和等人自1915年起发起组织中华民国医药学会，多次与其他组织共同审定汉语医学名词，统一名词标准，推进中国医学规范、有序发展。
在学术研究方面，进行了“论肾之机能试验”（葛成勋）、“结核性巨体细胞之微细的构造及其发生”（徐诵明）、“小学儿童肠内寄生虫卵检查成绩报告”（洪式闾 袁可仕 毛羽鸿）、“淋巴细胞内Azur颗粒之研究”（颜守民）、“对于几种还元糖定量法试验之结果”（徐开）、“肺结核与Urochromogen反应之关系”（刘光霖）、“化脓性中耳炎之病原菌及其脓汁之细菌检查的结果”（张铸和）、“盐化钙对于颈腺结核治疗之数例”（刘兆霖）、“肺结核之统计底观察”（耿志勋）、“颈腺结核之统计”（刘兆霖）、“我所经历的全身麻醉手术例”（毛咸）、“皮肤科一年来统计的观察”（蹇先器 江祖绂）、“六年间病理解剖之统计底观察”（林振纲），汤尔和教授撰写论文2篇(德文)、周颂声论文3篇(德文)、徐佐夏论文1篇(德文)，余新论文1篇(德文)，吴祥凤论文1篇(英文)，由学校汇集成第十周年纪念论文集出版。
其经常性开办经费，从1912、1913年度的4万余元，以后逐年有所增加，到1917年度增加到11万元。以后4年基本维持在12万之内，再未有大幅度的增加。投考人数开始起伏不定，1912年为140人，接后4年每年在80人左右，至1917年有较大幅度的上升，达220人，1920年达310人，1922年达440余人。至1922年6月，7年累计培养医学专门部毕业生175人。
1915年8月，学校附设产婆养成所（1920年改名助产讲习所）开学，招收学生24名，仿照日本成法，修业期限一年半，这也开中国开办助产学校之先例。至1922年停办，共培养毕业生125名。
10年间，校长先后由汤尔和（1912年10月—1915年12月）、葛成勋（1915年12月—1916年8月）、汤尔和（1916年8月—1922年4月）、周颂声（1922年4月—）担任。
在历次毕业典礼和周年纪念活动中，大总统代表屈永秋、刘春霖及教育总长或代理部务（如汪大燮、汤化龙、张一麐、范源濂、傅曾湘、傅岳棻、马邻翼）、教育次长（梁善济、袁希涛）先后出席并致训词。
1922年10月26日，学校举办十周年纪念活动，已担任教育部总长的前校长汤尔和、担任教育部次长的马叙伦来校讲话、留念。
作者：杨 龙
