在举办十周年校庆后，北京医学专门学校派往德国留学的第一期毕业生洪式闾和第二期毕业生鲍鉴清学习两年后于1923年3月回校，洪式闾被聘为病理教授，鲍鉴清被聘为解剖教授。当月又派助教徐开、刘兆霖和毛咸赴德国留学。
1923年5月制定校旗，白地红边，中间采用圆形绿艾酉为标识。上半年开始筹备大学6年制（预科2年，本科4年），于5月拟定了大学预科简章，9月份开始招收中学四年修业生，原来的四年制专门生停招。试行开办长学制的6年制医学本科教学，首开国内公立高等医学教育先河，培养的学生具有更扎实的基础和更高的水平。因校内发生反对校长周颂声的学潮，教师和学生均罢教罢学，周校长无奈于12月辞职，校长一职由教育部派洪式闾教授接任，1924年1月正式任命，并颁给“国立北京医科大学校”木质校章一枚。2月聘虞靖为外科教授。
洪式闾接任后面对师生罢课的严峻局面，到每个老师家里去请教课，都被老师们婉言拒绝。洪式闾无奈，只好于1924年3月提出辞职，直到7月获教育部批准。教育部于8月聘任眼科教授张黼卿为校长。1926年1月张黼卿校长辞职后，同月教育部聘耳鼻咽喉科教授孙柳溪为校长。
1926年6月，四年制专门部63人于本年最后毕业后停办。自学校开办以来，专门部共培养毕业生363人。随着办学实力的增强和条件不断改善，科研的水平也得到新的提高。
1927年8月，国立北京医科大学校改称为国立京师大学校医科，聘孙柳溪为医科学长。
1928年11月，国民党在北伐收复北京后实行大学区制，改国立北京医科大学校为国立北平大学医学院，院长由参加北伐归来的病理学教授徐诵明担任。动荡的军阀统治结束，才算基本进入较稳定的发展阶段。
自袁世凯于1916年死后，北洋政府的大总统和内阁政府如走马灯似地频繁更换。在1922年至1928年，其变换频率更是超过以前。用研究者的话说，政府的度支多是从外国银行贷款而来，抵押的却是中国的物资矿产和路权等。在这种艰难的条件下，学校作为北洋政府时期唯一的国立高等医学院，在经费短缺的情况下，仍不断送教员出国，为学习国外先进的教学、医疗和研究而不懈努力，以推动学校各项工作的开展，学科设置也因派出学习人员的不断归来而增添和充实。这些人员在本校学习期间就具有一定的医学和外文基础，在国外学习研究过程中许多人在国外专业杂志上发表研究论文，常令留学所在国的教员感到惊奇。
1924年3月，徐佐夏从德国留学归来，被聘为药物教授；4月杨敷海留学归来，被聘为细菌教授；7月派助教颜守民赴德国留学。1925年8月，留学归校的徐开被聘为医化教授，刘兆霖聘为外科教授，毛咸聘为花柳科教授；派金荣贵赴德国留学。1926年2月，派妇产科教授周瑞麟赴德国留学；8月，颜守民从德国留学归校，被聘任小儿科教授。1927年2月，周瑞麟从德国归校；6月，黄云苏、金荣贵留学归校，任黄云苏为眼科教授，金荣贵为外科教授；聘姚鸿翥（志凤）为内科教授。改称为国立京师大学校医科后，1927年9月聘周颂声、鲍鉴清、徐佐夏、吴祥凤、刘兆霖、蹇先器、周瑞麟、狄博尔（德国人）等为主任教授。自1929年1月起，又先后聘徐开、颜守民、刘宝华、戈绍龙、夏禹铭、林幾、侯宗濂、余㵑、梁铎、孙润晨、郑万育等为主任教授。聘谢祖培、陈友浩、刘先登、周振禹等为教授。建立的儿科学、法医学等学科为全国首创。
1929年4月，在徐诵明院长带领下，广大师生采取静坐等形式，争取政府同意，将处于背阴胡同的前北洋政府审计署房屋划拨医学院作为附属医院用房，扩大了病床，改善了就医条件。医院又建立现代化手术室，开展了一系列的高难度手术，解除患者病痛。医院也被老百姓称为“平大医院”。根据北平大学医学院附属医院1934年11月报表，医院该月完成收费、施诊、转诊患者4455人次，已具有相当的诊治规模。
1931年度各学科主任教授和教授组成为：解剖学科主任教授鲍鉴清，教授陈友浩；生理学科主任教授周颂声，教授侯宗濂；医化学科主任教授徐开；细菌学科主任教授杨敷海；病理学科主任教授徐诵明（兼）；药物学科主任教授徐佐夏；卫生学科主任余㵑，教授孙润晨；法医学科主任教授林幾；内科学科主任教授姚鸿翥，教授刘先登，讲师吴祥凤；外科学科主任教授刘兆霖，教授谢祖培；皮肤花柳科主任教授蹇先器；耳鼻咽喉学科主任教授戈绍龙；眼科学科主任教授刘宝华；妇产学科主任教授夏禹铭；儿科学科主任教授颜守民；理疗学科主任梁铎。这些拥有留学背景、掌握医学前沿最新知识的专家，是开展医学教育和研究发展的基本保障。
1931年9月，聘请国内外著名的生理学家侯宗濂为教授，聘期从8月算起。
1932年8月，徐诵明院长主政国立北平大学，内科教授吴祥凤接任医学院院长。
在南京国民政府统治之下，北平大学医学院的办学经费仍不能得到有效保障，拖欠教职员工资的现象时有发生。但广大教职员克服困难，坚持办学，维持学校正常工作的开展。随着经济情况的好转，图书、仪器齐备也逐步得到增加。
在教学方面，严格按照教育部1935年6月颁行的《大学医学院及医科暂行课目表》执行，坚持基础及临床各学科内应尽量灌输预防医学及公共卫生观念，以符治疗与预防并重之原则。根据教育部颁布科目表和时数要求，于1935年7月制定了《课程总表》，在1935年度开始实施。5年授课总时数为6156学时，比基本要求总时数多出474个课时数，多出比例8.3%。而在分科目中均有不同程度的增加，如解剖类594课时；生理及药物类702课时；病理类630课时；诊断及内科类1152课时；外科类738课时。
在教学方面，注重引进国外医学的最新进展，编译了许多医学专著，在国内外发表大量的学术研究论文，也提高了声誉。1928年由徐诵明院长首倡在中国首次用中文进行教学；多人参与审订医学名词，起草相关制度，编辑学术刊物；以汤尔和博士为首，周颂声、吴祥凤、蹇先器、徐诵明、王同观等翻译日本医学专著数十种，如周颂声编著《生理学》、葛成勋编著《外科学总论》、吴祥风编著《临床便览》和《神经病学》、刘兆霖编著《外科学各论》、蹇先器译著《泌尿科学》、《内科学》等。各学科主任教授编写本学科讲义，由北平大学安排统一予以精装印制。
在学术研究方面，1934年7月出版《二十周年纪念刊》，征集院内近著21篇研究论文予以出版。由徐诵明校长题写刊名，吴祥凤院长撰写弁言。该刊刊载鲍鉴清教授论文2篇，侯宗濂教授等人论文5篇，梁铎2篇，林振纲、杨敷海、鲍鉴衡、刘治汉、颜守民、刘兆霖、林子扬、吴祥凤、余㵑教授及严镜清、张苹、龙秀章各1篇。大部分由实验室实验得出研究结论。以侯宗濂教授为主任的生理教室，开展生理实验研究，对费氏间隙等国际生理前沿问题进行探索，取得一系列发现和成果，发表了多篇学术论文，并汇集成书出版。侯宗濂还应协和医学院林可胜教授邀请，前往进行合作研究。
从1934年8月1日至1936年12月教育部对全国专科以上学校教员研究专题统计，在医科研究方面，国立北平大学医学院开展的项目有18项，显示出对科研的热情和实力，其中又以侯宗濂教授的研究居多。开展的研究有：皮花科刘英范：棘状毛囊角化症之一例。
药理学徐佐夏、鹿鸿逵（合作人王晨教授）：浮萍（强心药，对于循环器之作用）
解剖学陈友浩：蜡化标本之研究；片碱对于骨骼腐蚀之作用；上肢肌肉对于人种之差别。
生物化学徐开（合作人刘治汉助教）：北平市食用油类内之Vitamin A。
生理学侯宗濂、贾国藩：短持续电流所生之顾氏间隙。
侯宗濂、李茂之：下行电流刺激所生之费氏间隙。
侯宗濂、贾国藩：顾氏间隙与阳极制止之关系。
侯宗濂、李茂之：费氏间隙及阳极制止。
侯宗濂、贾国藩（合作人李茂之生理助教）：心脏神经之相对作用。
侯宗濂、贾国藩：蛙心交感神经时值之测定。
侯宗濂、贾国藩（合作人李茂之生理助教）：费氏间隙后挛缩之性质。（发现费氏间隙后挛缩乃生于开放刺激者，论文在第十五届美国重量学会曾经宣读）
组织学鲍鉴清、刘其瑞（合作人陈友浩教授）：金鱼绒球微细构造之研究；中国鸡卵卵黄卵白之比例。
诊断学刘兆霖（合作人葛秉仁助教）：结核之Resorein血清学的诊断法
病理学林振纲：心冠动脉闭塞之好发部位
病理颜守民：Takata-Reaktion bei Kala-arar（已在杭州热带病研究所年刊发表）。
鉴于公共卫生在预防疾病方面的重要作用及我国卫生人才的缺乏，于1930年9月设立卫生学科，并筹设卫生实验区。1932年，和中央防疫处合办预防接种处，同年获得万国卫生协会协助卫生学科设备费3500元美金。1933年在中央卫生署的支持下，和北平市卫生处等单位合作，1933年12月11日成立北平市第二区卫生区事务所，在专业和医疗方面支援主要医务人员，于1934年1月开始工作，在辖区全面进行公共卫生专业调查、预防和治疗工作，为医学院卫生学科专业学生和附设护士、助产专业学校学生提供实习场所，在医学教育与社会实践的结合方面进行了创造性探索，取得巨大成效，直到全面抗战爆发停办。
自1931年“九一八”事变以来，日本加紧了对中国的侵略，策划成立伪满州国，执行南进政策以巩固在东北的既得利益。先后在上海、热河、长城进行军事侵略，阴谋策划华北自治，中华民族面临被分裂和灭亡的危险，而北平直接处于冲突的前沿。在此期间，北平大学医学院广大师生和全国人民一道和敌伪进行斗争，对日本侵占东北和策划华北自治进行声讨，对进行的热河、长城抗战进行医疗救援，参加“一二九”爱国运动，表现出强烈的爱国激情。
在发展过程中，毕业生毛鸿志、翟之英、杨其昌、王同观、刘士琇、黄万杰、厉矞华、隋式棠、贾淑荣等来校或留校工作，成为学校的后起力量。
1923年9月到1937年6月，共培养6年制本科毕业生259名。
经过北京25年发展，学校一直致力于医学教育的本土化，培养的毕业生洪式闾、鲍鉴清、徐佐夏、刘兆霖、颜守民、毛咸、胡懋濂、杨敷海、陈友浩、梁铎、林振纲、林幾、徐开、余㵑等成为当时国内著名的医学教育家或学科奠基人。贺宗霖（贺诚）成为红色革命家和新中国卫生事业的主要领导者之一，姜泗长成为中国工程院院士。在国人所办医学院校中，学校被认为是“所得经费最少、培养人才最多”，汇集了一大批卓有成就的国内知名学者，在某些领域（如病理学、生理学、法医学、组织学等）也代表了当时我国相关专业的最高水平，对中国现代医学教育发展影响深远。
1936年度（1936年8月至1937年7月），医学院有职员104人，教员67人（教授22人，讲师9人，助教27人，助理6人，音乐、国术、救护训练导师3人），学生124人。院长由吴祥凤担任。各学科教授有：解剖学鲍鉴清、陈友浩，生理学侯宗濂（兼图书馆主任），生物化学徐开，病理学徐诵明（兼北平大学代校长）、林振纲，细菌学杨敷海，病理学徐佐夏，法医学林幾，内科学吴祥凤（兼医学院院长）、朱其煇、姚鸿翥、刘先登，外科学刘兆霖，妇产科吴服甫，小儿科颜守民，皮肤花柳科蹇先器，理疗科学梁铎，卫生学严镜清（兼卫生科主任），化学王晨。
当这所中国成立最早、在国内享有很高声誉的现代高等西医学校正在向着更高的水平奋进的时候，日本发动了有史以来规模最大的侵华战争，中国全面抗战爆发。地处事变前沿的国立北平大学医学院，遭受到发展进程中突然的“顿挫”，在国家、民族面临灭亡的关头，也接受着生死去留的严峻考验。
作者：杨 龙
